萼片と唇弁の色の違いや花弁の形状によって品種が区別されることもある。また、変種としてカツウダケエビネ var. kanashiroi（沖縄）とハノジエビネ var. divaricatipetala（徳之島）がある。
基変種エビネ、変種カツウダケエビネ、変種ハノジエビネが自然状態で混在することはないため、ふつうは確認地域で変種を判断すればよい。ただし、徳之島にはC. discolorに似たトクノシマエビネ C. tokunoshimensis（徳之島）が生育している。
また、花が無い状況では、他のエビネ属との識別は困難か不可能である。さらに、自然下で他のエビネ属と雑種をつくることがある。自然交雑種は以下のとおり。
| エビネ C. discolor var. discolor × | 雑種名 |
|---|---|
| キリシマエビネ C. aristulifera var.kirishimensis | ヒゼン | オオキリシマエビネ（ニオイエビネ） C. izuinsularis | コウズ |
| キリシマエビネ × オオキリシマエビネ（スイショウ） | ミクラ |
| キエビネ C. striata | タカネ |
| キバナキリシマエビネ（ヒゴ）C. × kibanakirishim （キエビネ × キリシマエビネ） |
サツマ |
| サルメンエビネ C. tricarinata | イシズチ |